這個課程經歷了十分曲折的發展。像「中國文化要義」所經歷的情况一樣，「思想方法」起初是崇基學生必修的科目，最後它發展成為可供所有中文大學學生選讀的課程，並且一直保留至現在。所不同者，乃在於它們被抽離於綜基課程核心的緩急先後。「思想方法」曾經一度與「大學修學指導」和「專題討論」形成了綜基課程的鐵三角，是構成崇基通識課程的核心結構。正因為這一點，我們才清楚地看到了綜合基本課程對於「理性思索」之堅持。科目名稱和大綱已清晰地反映了它跟「理性思索」的關聯了：
思想方法
Art of Thinking:
本科目介紹邏輯思考之初步觀念、原理及方法，理性論辯之規則﹙包括駁議及辯論各種形式﹚，及一般科學探究之方法；着重日常實際事項中之理智運用，並檢察常見之思想謬誤。
An introduction to the elementary ideas, principles
and methods of logical thinking, the rules of rational discourse (including
forms of argument and debate) and scientific inquiry in general. Emphasis
is placed upon the daily and practical application of reason and the examination
of common fallacies.
﹙見《香港中文大學崇基學院概覽1967-68》，第60頁。﹚
一九七七年，中文大學通識教育委員會決定統籌各成員書院的通識課程，但各書院可以保留若干科目作為「書院通識課程」，以突出其原有的教學傳統。大學又規定各書院要在其一年級通識課程中引入「學生為本」教學模式。因此，崇基學院決定保留上述三個科目，並着手修訂「思想方法」與「大學修學指導」兩科目的教學內容，以符合大學的要求。「思想方法」的修訂建議由何秀煌博士提出，詳情如下：
1977-78學年綜基101及綜基102之修訂建議﹙註一﹚
﹙二﹚ 綜基102：思想方法﹙由何秀煌博士構思﹚
﹙1﹚ 課程大綱內容不變。
﹙2﹚ 內容：
甲、講授：思考與思辯
解決問題與作出裁決
概念性思考
事實判斷與價值判斷
自動化時代裡的人
邏輯：原理與方法
演繹與歸納
形式謬誤與非形式謬誤
語言的功能
意義、界說與分類
信念、知識與真理
形式科學與經驗科學
科學方法
各門科學的翻譯、還原和整合
完整的人生
乙、學生為本教學課節：
第一節：思考、思辯與邏輯
建議題材：
思考作為解決問題的關鍵
「傳統」﹙或慣性﹚的方法與創新的方法
權威的善用與誤用
邏輯與「理性」概念
批判思考
開明思維與獨立思考
人與機械、機械能否思考
教育、訓練與程式設計
第二節：現實與理想
建議題材：
「美好世界」﹙或「理想世界」﹚的概念
現實性、理想性和可能性
事實與價值
選擇和決定的基礎
道德是否任意而為
人性：「自然」概念與價值概念
我們的世界觀
生活片段和完整的人生
生活方式：原則問題與品味取向
第三節：理論與實踐
建議題材：
理論與事實
觀察與實驗
「思考實驗」與實現
理論與實踐
所言與所行
目的與手段
政治理想、政治主義與政治系統
文化傳承與社會革命
第四節：人文學科──關懷與價值
建議題材：
各種人物在社會中的角色，如詩人、小說家、藝術家、音樂家、
歷史家、哲學家、神學家等
終極關懷與個人承諾
人性、人類潛能及其施展
文學中﹙藝術、音樂、詩詞等﹚有無真理
人文觀察、想像與理想化
人文真理是否完全主觀
人文學科中的問題是否與人生活較為相干
神的問題與靈性真實
第五節：社會科學──方法與有效性
建議題材：
社會科學中的事實
行為主義的問題
價值論中的社會相對主義﹙或人文相對主義﹚
社會變遷：現代社會與傳統社會﹙的價值﹚
規範描述是否可能
社會科學中的價值判斷
第六節：自然科學──假設與真實
建議題材：
發現、發明與證立
準確性：概念與量度的準確性
科學實驗
「決定性測試」概念
假設與定律
牛頓：「我不做假設」
科學、數學與真實
愛因斯坦：「如果數學定律用以指涉真實，它們就不確定；
如果它們是確定的，它們就不指涉真實。」
感知性質與理論實體
狹義的科學主義：所有真理皆為科學真理，
並且只有科學真理方為真理。
科學的「證明」概念
相對論和量子力學的基本觀念
科學決定主義與海森堡之「測不準原理」
科學唯物主義
第七節：知識的分析、整合與統一
建議題材：
分析的用途與濫用
分析與還原
統一的科學
普遍的科學語言
通識教育與專科教育
完整的人生
﹙3﹚ 上課安排：
﹙甲﹚首三週只進行講授。
﹙乙﹚第四至第十五週：講授與學生為本教學隔週進行。
﹙丙﹚學生為本教學由第四週開始。
﹙丁﹚在學生為本教學的第四至第六節安排有關方面的方法學專家與小組教師一起參與教學。
﹙戊﹚第四至第六節的上課次序因應不同小組作出作調動。
例如，第一至第七組的次序是第四節，第五節，然後第六節；
第八至第十四組的次序是五、六、四；第十五至第二十一組則是六、四、五。
﹙己﹚第七節不設教節，專為學生進行獨立研究之用。
每個學生需要按此中題材提交一份短篇論文。
按照建議修訂的「思想方法」自七七／七八年度開始推行，經歷了近十年光陰，最後於八六／八七年度起變為大學通識教育課程的一部份。可以說，崇基學院最後把這個核心科目「奉獻」了給全中大各書院的學生。然而，這舉動到底應否看作書院對「理性思索」要求下降？我們應否視之為中文大學提高對學生「理性思索」要求的例證？抑或只應視之為一次由行政角度考慮的新安排？
註一：此修訂建議原載於一份英文建議書，其標題為〈SOME
THOUGHTS ON THE IMPLEMENTATION OF STOT IN IBS 101 AND IBS 102 FOR THE YEAR
1977-1978〉。該建議書於七七年六月七日以沈宣仁博士與何秀煌博士的名義提交給崇基綜合基本課程委員會。建議書的中文譯本收錄於《從通識教育的觀點看－－文明教育和人性教育的反思》﹙何秀煌著，台北東大，1998﹚一書第120-129頁。
