此後十年，崇基學院本着「兢兢業業、寅畏上帝」的嚴肅態度艱苦經營，終於收到應有的回報。一九六三年四月，港府特派的富爾敦委員會發表報告書，建議在香港成立一所聯邦制大學，並以崇基為基本成員學院。同年十月十七日，港督柏立基爵士主持大學成立典禮。從一間規模細小、宗教色彩濃烈的夜學校發展成佔地數十英畝、為政府認可的大學基本學院。從建制上說，草創時期的目標，現在經已達成了。
自這一年開始，學生都可以從學院概覽的獨立章節中了解崇基「成為中文大學基本學院之經過」。直到一九六九年，校方把這段經歷消化，融入自己對過往歷史的自述之中。創辦初期充滿宗教情感的筆調，早已改變。然而在結束六九年度的「校史略述」時，崇基學院卻對所有讀者發表聲明：
「本校自成為香港中文大學成員學院之一後，雖接受政府經濟補助，然從未失去其獨立性，亦未變更其基督教學院之特色。」
這基督教學院特色，乃崇基建校使命的一部份，也是學院傳統精神之所繫。要建立學院特色，課程設計顯然是其中重要一環；因為教學宗旨必須藉着課程內容及教學方法具體顯現出來。就崇基而言，各學生必修的通識課程自始即是課程設計中的關鍵部份。
